Synopsis long

Mew : c’est le nom du Pokémon le plus puissant. Et la Team Rocket ne résiste pas à l’appel de tout ce pouvoir. Giovanni, le Boss, envoie une équipe de scientifiques à la recherche de Mew, pour prélever de son ADN et le cloner, mais en le modifiant génétiquement pour le rendre encore plus puissant. C’est suite au semi échec de cette expérience qu’est né Mewtwo : un Pokémon de puissance égale à Mew, qui a pour but de devenir le plus puissant Pokémon… mais aussi le plus puissant dresseur Pokémon ! Mewtwo veut dominer le monde, les humains et les Pokémon. A la suite de la desctruction de son ancien laboratoire, Mewtwo va le recréer sur une île perdue au milieu de l’océan, et y inviter les dresseurs les plus puissants pour voler leurs Pokémon. Mais il camoufle son projet dans une invitation à venir sur son île pour un combat amical. C’est ainsi que Sacha, en compagnie de Pierre et Ondine, reçoit une invitation. Malheureusement, une tempête fait rage et le bateau à destination de l’île de Mewtwo et annulé. Quelques dresseurs, dont Sacha, décident d’y aller quand même et utilisent leurs Pokémon pour traverser la mer. Les dresseurs arrivent donc sur le repaire du grand Mewtwo, le plus grand dresseur Pokémon de tous les temps.
Alors que les dresseurs l’attendent, Mewtwo se montre enfin. Mais là, les dresseurs sont stupéfaits. Le plus grand maître Pokémon est en fait… un Pokémon lui-même ! Mewtwo montre alors son vrai plan, et il commence à capturer les Pokémon des dresseurs. Ces Pokémon sont transférés dans un laboratoire où ils sont clonés, avec pour but de vaincre les vrais Pokémon. Mais Mew intervient et un combat s’engage entre lui et son clone maléfique. Sacha décide alors de les stopper… et le choc de l’attaque qu’il reçoit le transforme en pierre. Cela fait réagir les clones et leur fait comprendre où se trouve le bien. Mewtwo finit par comprendre à son tour, et en combinant leurs efforts ils parviennent à rendre vie à Sacha. Mewtwo s’en va alors avec ses clones, effaçant la mémoire des dresseurs présents et les ramenant à leur point de départ...

Une foule de dresseurs en colère râle contre l’annulation du bateau qui devait les accompagner, à cause d’une tempête. Mais le cyclone s’arrête brusquement. Sacha se rend alors dehors, et dans le ciel, il aperçoit... Mew.