Synopsis long

Les Pokémon sont des créatures dotées de capacités extraordinaires. Certains d'entre eux ont décidé de servir les méchants...
Parmi ces méchants, on trouve la Team Rocket.

Deux agents de la Team Rocket, Annie et Ocklay, dérobent un livre parlant de Latias et Latios, et de la Rosée Âme, âme de Latios dotée de certains pouvoirs.
Annie et Ocklay se dirigent vers Alto-Mare pour capture les deux Pokémon légendaires, et pour voler la Rosée Âme.

Sacha et ses amis se sont rendus à Alto-Mare, pour participer à une course de chars, tirés par des Pokémon aquatiques.
Alors qu'Ondine est en tête, Latias, invisible, attrappe le Kaiminus de Sacha et le fait accélérer, ce qui le fait passer en tête.
Mais Latios, invisible lui aussi, n'aime pas la triche. Il attrappe alors Latias et le fait prendre un mauvais chemin. Sacha est donc disqualifié.
Ondine remporte la course, et reçoit un magnifique médaillon.

Ondine et Pierre s'en vont chercher des glaces, pendant que Pikachu essaie de boire à une fontaine (le robinet est fermé).
Une jeune fille s'approche et ouvre le robinet, ce qui permet à Pikachu de boir. Cette jeune fille tourne autour de Sacha comme si c'était un extra-terrestre, et qu'elle l'étudiait.
Ensuite, la jeune fille s'enfuit en courant. Pikachu et Sacha la suivent, et voient Annie et Ockaly en train d'essayer de "capturer" cette jeune fille.
Sacha la délivre et la suit à nouveau, mais elle disparaît.

Sacha et ses amis se rendent à un musée. Sacha y voit la même fille, avec un bérêt, en train de dessiner. La fille sort du musée, et Sacha la suit.
Il la retrouve, et lui demande pourquoi elle s'est enfuie. Elle répond : "Je ne vous connais pas.".
Sacha continue de la suivre mais ne la trouve plus. Il arrive à un pont; la jeune fille se trouve là. Elle lui fait signe de la suivre.
Sacha la suit. La jeune fille traverse un mur. Pikachu fait de même, et Sacha les suit.

Ils se retrouvent dans une forêt. La jeune fille fait signe à Sacha de venir jouer. Sacha s'approche et se fait attaquer par Latios.
Une autre jeune fille, avec un bérêt, portrait craché de l'autre fille, s'approche et demande à Sacha ce qu'il fait là.
Il lui dit qu'il n'est pas méchant.

La jeune fille au bérêt s'appelle Bianca. Celle-ci explique à Sacha que l'autre fille est Latias, transformé en humain.
Un vieux monsieur, le grand-père de Bianca, raconte l'histoire de Latias et Latios.
**Autrefois, deux Pokémon semaient la terreur dans la ville : Kabuto et Ptera. Latios se sacrifia pour amener l'eau dans la ville et ainsi détruire les deux Pokémon. Ses enfants, Latias et Latios, furent orphelins. Le grand-père de Bianca les a recueillis lorsqu'ils étaint enfants.**
Ce vieux monsieur montre ensuite la Rosée Âme à Sacha.

Le soir même, Annie et Ocklay assomment le vieil homme, et rentrent dans la forêt. Elle capturent Latios, volent la Rosée Âme et s'en vont au musée, où se trouve le mécanisme de défense d'Alto-Mare : une grosse machine capable de contrôler toute la ville.
Bianca remarque que la Rosée Âme a disparu. Latias va voir Sacha et lui montre, grâce à la vision partagée, l'endroit où se trouve Latios.
Ils découvrent qu'Annie et Ockaly ont activé la machine du musée grâce à la Rosée Âme, et qu'ils se servent de Latios pour l'alimenter.

Sacha se rend au musée avec Latias. Ils finissent par délivrer Latios. malheureusement, la Rosée Âme explose, et toute l'eau s'en va de la ville.
Sacha et ses amis sortent, et ils voient que l'eau revient... sous forme d'un gigantesque raz-de-marée!
Latias et Latios s'assemblent dans une grosse boule de lumière et vont affaiblir la gigantesque vague. Latios se sacrifie pour arrêter l'eau.

Maintenant, une nouvelle Rosée Âme potège la ville d'Alto-Mare.

Sacha et ses amis s'en vont. Latias (ou Bianca, on ne sait pas), vient lui dire adieu... par un baiser...